Canal de Isabel II mantiene en vigor 38 convenios de colaboración para contribuir al desarrollo del sector del agua a través de la investigación y la innovación. En los últimos años, la empresa pública ha contribuido a la investigación científica y a su puesta en práctica a través de alianzas con universidades y entidades de investigación e innovación, tanto públicas como privadas. Destacan la Universidad Autónoma de Madrid, la Universidad Complutense, el Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas (CIEMAT) o el Hospital Ramón y Cajal, así como las start-ups Aquacorp, Captoplastic o Devitabo.