Desde Enero de 2012, la Unidad de Neonatología está acreditada para atender a recién nacidos en situación crítica y a prematuros nacidos a partir de 28 semanas de edad gestacional. Debido a sus características y dotación, esta unidad es referencia del Corredor del Henares (Alcalá de Henares, Torrejón de Ardoz y sus áreas de influencia) para la atención de los neonatos.
La ampliación de la asistencia a recién nacidos menores de 32 semanas y hasta las 28 semanas de gestación ha evitado a las madres el tener que desplazarse a otros hospitales de Madrid o de la periferia (Getafe, Leganés y Móstoles). Tras obtener la acreditación, 113 recién nacidos han sido tratados en la Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales del centro. Entre otros motivos de hospitalización, 27 lo fueron por gran prematuridad (menos de 32 semanas); 24 por muy bajo peso (menos de 1.500 gramos) y 7 por peso extremadamente bajo (menos de 1.000 gramos).